法律分析:
农村自建房办理土地证的流程是：
1、申请人提出申请；
2、相关部门进行现场勘查；
3、初审合格的，发放住宅用地与建设申请表；
4、村委会报乡镇审核；
5、符合审批条件的，上报县；
6、县批准用地，由县国土资源局颁发建设用地批准书；
7、房屋竣工后申请登记。农村自建房重建需要的手续有：
1、提出申请；
2、村委会签署意见并盖章；
3、乡镇初审，公布初审意见；
4、县级机关审批；
5、国土资源局核发许可证；
6、镇查验；
7、竣工验收合格的，核发合格证；
8、申请房地产权利登记。
法律依据:
《土地管理法》第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡（镇）审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。